沼氣池在運行中，應視不同的原料（人畜禽糞便、秸稈）定期、不定期的進行混合攪拌──理論上稱做持續動態發酵。

經常攪拌沼氣池的發酵原料，能使原料與沼氣細菌充分接觸，促進沼氣細菌的新陳代謝，使其迅速生成繁殖，提高產氣效率；可以打破池內上層結殼，使中下層所產生的附著在發酵原料上的沼氣，由小氣泡累積成大氣泡，并上升到氣箱內；可以減少發酵死角，使養料分布均勻促進沼氣細菌生活環境不斷更新，有利于它們獲得新的養料。

實踐證明：適當的攪拌方法和強度，增強微生物與原料的接觸，使之獲得營養物質機會增加，活性增強，生產繁殖旺盛，從而提高產氣量。經常攪拌后，可使產氣量提高35%～50%以上。

如不經常攪拌發酵原料，還會在沼氣池底部逐步形成結塊固化結層，縮小沼池容積并造成抽吸出料的困難。